28.04.1971 tarihinde “Halk Sağlığı Laboratuvarı” adı ile hizmete açılan laboratuvar, Sağlık Bakanlığı’nın 27.09.1979 tarih ve 3708 sayılı emri ile Refik Saydam Hıfzıssıhha Merkezi Başkanlığı örnek alınarak İstanbul Bölge Hıfzıssıhha Enstitüsü Müdürlüğü’ne dönüştürülmüştür. Bölgesindeki 10 ilin halk sağlığı laboratuvarları, bilimsel ve teknik yönden bu enstitüye bağlanmıştır. 13.09.1993 tarih ve 6305 sayılı onayla da idari açıdan Refik Saydam Hıfzıssıhha Merkezi Bakanlığı’na bağlanmıştır. Hizmetlerini, 19 Mart 2012 tarihine kadar bu kurumsal yapıda yürütmüştür.
Maltepe de konuşlandırılan 3 No’lu Halk Sağlığı Laboratuvarıda, 02.11.2011 tarih ve 28103 (Mükerrer) sayılı Resmî Gazete’de yayımlanarak yürürlüğe giren 663 sayılı “Sağlık Bakanlığı ve Bağlı Kuruluşlarının Teşkilat ve Görevleri Hakkında Kanun Hükmünde Kararname’nin 35. Maddesinin 3. bendine göre yasal statüsünü kazanmıştır. Daha önce İstanbul Halk Sağlığı Müdürlüğü’ne bağlı faaliyet gösteren Pendik Halk Sağlığı Laboratuvarı 15.11.2012 tarihinde kapatılarak Esatpaşa Halk Sağlığı Laboratuvarına taşınmıştır. Bir süre burada faaliyet gösteren laboratuvar daha sonra “İstanbul 3 No’lu Halk Sağlığı Laboratuvarı” adıyla yapılandırılarak Maltepe’ye taşınmışve L1 tipi laboratuvar olarak hizmet vermeye başlamıştır. İHSL-3’ün; Bolu ve Zonguldak,'taki Halk Sağlığı Laboratuvarlarına hizmet vermesi planlanmıştır.